梵蒂冈秘密档案馆是有史以来最具标志性的宗教和文化象征之一，馆内藏有3.5万卷目录，所藏档案涵盖12 个世纪。

档案馆过去和现在都是保存罗马教廷正式文书和其他与教皇有关的文件的地方。档案馆保存的天主教会文献档案可追溯到8世纪。但在1881年前，连基督教的学者都不能进入档案馆。被称为19世纪后期现代化知识分子的教皇 Leo XIII 为研究人员打开了这座宝库的大门。这些珍贵的档案不仅讲述了教会的历史，还讲述了世界其他地方的故事。

档案馆内存有对圣殿骑士团的审判记录，以希农羊皮纸为载体，记录了罗马教廷的军事审判，例如对在十字军东征期间的异端邪说和亵渎神明行为的审判。由于存档错误，审判记录已丢失了好几个世纪，直到2001年，人们在档案馆一个包含了其他类型档案的箱子里找到了这份档案。现在它已被正确地分类并且可供研究人员使用。

2012年，梵蒂冈秘密档案馆公开展出了一些最重要的档案，以庆祝其成立400周年。